El COHIFe cuenta con 15 comisiones que abordan de manera específica y transversal diversas temáticas relacionadas con los recursos hídricos, impulsando proyectos, desarrollando productos y llevando a cabo diversas actividades.

• Comisión de Agua y Ambiente
• Comisión de Agua, Educación y Cultura
• Comisión de Agua y Juventud
• Comisión de Agua y Producción
• Comisión de Agua y Saneamiento
• Comisión de Aguas Subterráneas 
• Comisión de Calidad y Cantidad de Agua 
• Comisión de Emergencia Hídrica 
• Comisión de Género y Agua 
• Comisión de Gobernanza
• Comisión de Legislación
• Comisión de Línea de Ribera y Ordenamiento Territorial
• Comisión de Mapa de Cuencas Interjurisdiccionales 
• Comisión de Relaciones Internacionales
• Comisión SINARAME